A Survey on Genome Rearrangement Problems and Gene Order Based Phylogenies

Abstract: With the growing availability of complete genome sequence data, the genome rearrangement problem has received a lot of attention in the field of computational biology. In this problem, a genome is modeled as a sequence of regions that are conserved within a genome group. The goal is to find a plausible evolution scenario for this genome group, considering the position and orientation of the conserved regions, building a phylogenetic tree using pairwise distance estimates, optionally also rebuilding the ancestral genomes. This methodology has shown encouraging results when applied to the phylogenetic inference of several species groups. In this article, we review the state-of-the-art and applications in this field.



Resumo: Com a crescente disponibilidade de genomas completos, o problema de rearranjo de genomas tem despertado muito interesse no campo da biologia computacional. Neste problema, um genoma é modelado como uma seqüência de regiões conservadas dentro de um grupo de genomas. O objetivo é encontrar um cenário evolutivo plausível para estre grupo, considerando a posição e orientação das regiões conservadas, construindo uma árvore filogenética utilizando as distâncias de rearranjo entre os genomas e possivelmente também construindo os genomas ancestrais. Neste artigo, analisamos os avanços mais recentes e aplicações deste campo.

2008